Образование отходов приводит к потере материалов и энергии, а также к дополнительным экономическим и экологическим издержкам для общества в связи со сбором, переработкой и удалением отходов. Отходы составляют существенную часть потока материалов в экономике и поэтому они рассматриваются, особенно в развитых странах, в контексте общего потока материалов. Экологическая нагрузка от образования отходов и обращения с ними включает  выбросы в атмосферу (в т.ч. парниковые газы), в воду и почву, которые оказывают  потенциальное воздействие на здоровье человека и природу. Воздействие на окружающую среду животноводческих предприятий обусловлено, прежде всего, образованием жидких и твердых органических отходов, которые, разлагаясь, загрязняют водоемы, почву.

Существует много методов обезвреживания отходов или минимизации их воздействия – сточные воды очищают, твердые отходы перерабатывают.  Утилизация органических отходов проблема не только каждой страны в целом, но и каждого дворового домохозяйства. Органические остатки очень быстро начинают разлагаться, неприятно пахнут, в них заводятся различные насекомые, они становятся источником привлечения грызунов. Чтобы санитарная ситуация не выходила из под контроля, такой мусор необходимо своевременно и качественно перерабатывать  или утилизировать (если нет технологических возможностей для переработки). Отходы агропромышленного комплекса — привлекательное сырье для получения тепловой и электрической энергии, прямого использования в сельском хозяйстве, а также производства материалов.

Ученые из Калифорнии разработали инновацию, которая позволит производить биологическое топливо для авиационной техники из газа, вырабатываемого бактериями в процессе разложения навоза. Кроме того, в перспективе планируется также начать производство из газа, что выделяется во время разложения обычного мусора. Как только компания начнет массовую разработку, с американскими фермами будут заключены официальные контракты на поставку исходных материалов. По прогнозам аналитиков подобное биотопливо имеет широкое развитие в перспективе, и одним из пионеров в этом благородном поприще стала компания Fair Oaks Farms из Индианы, имеющая прямое отношение к сельскому хозяйству. Она  начала установку специальных устройств, с помощью которых и будет производиться переработка. На данный момент ежедневно собирается навоз от 15-ти тысяч коров и более 3-х тысяч свиней из ферм, входящих в состав холдинга сообщает сайт energorus.com. Полученный газ проходит полный процесс переработки, после чего отправляется на предварительное тестирование. Сегодня в качестве испытания газ используется для заправки грузовых автомобилей, которые развозят молочные продукты от Мичигана до Теннесси. Регулярно на полученном топливе работает около 42-х автомобилей, и на данный момент не получено ни одного нарекания, по качеству топлива. Как показывает практика, газ действительно вполне пригоден для такой переработки, и, возможно, мы стоим на пороге нового революционного открытия в данной отрасли.