Как правило, цена на хлопок устанавливается в зависимости от качества семян хлопчатника. Самыми важными мерами улучшения качества экологического хлопка в процессе его сбора и после него являются:

• устранение листьев, капсул здоровых и поврежденных после сбора хлопчатника;
• сбор и перенос собранного хлопчатника в чистом хлопчатобумажном материале, ни в коем случае не в нейлоне и прочих синтетических тканях; это может привести к загрязнению  другими волокнами (из ткани, ворса, упаковочного материала и т.д.);
• сбор исключительно созревшего хлопчатника. Несозревшие волокна хлопчатника плохо впитывают красители;
• хранение урожая хлопчатника в сухом месте. Сбор хлопка должен осуществляться в сухих условиях: не рекомендуется собирать хлопок в утренней росе или после дождя.  Урожай также должен храниться в сухом помещении.
• предотвращение загрязнения хлопка пылью или химикатами, особенно удобрениями, пестицидами и нефтью;
• исключение из использования каких-либо средств защиты хлопка от вредителей (как, напр., ДДТ);
• тщательное отделение экологического хлопка от неэкологического, а также от хлопка, собранного во время переходного периода с целью предотвратить их смешивание.